Le Service de la formation tertiaire est responsable des dossiers concernant les Hautes écoles spécialisées, la Haute école pédagogique du Valais, les écoles supérieures et les affaires universitaires, au niveau cantonal. Il assure l’application des accords intercantonaux sur les universités, les Hautes écoles spécialisées et les écoles supérieures. Il participe aux négociations relatives à leur évolution. Le Service a aussi la responsabilité de contribuer au pilotage du système scolaire valaisan (recherche sur le système de formation, statistiques, indicateurs, etc.)